Vuonna 1993 valmistunut kiihdytinlaboratorio on JY:n merkittävin tutkimusyksikkö, jossa työskentelee 30 yliopiston palkkaamaa henkilöä. Pääinstrumentti, raskaiden ionien kiihdyttämiseen soveltuva syklotroni valmistui aikataulun mukaan yli-insinööri Esko Liukkosen johdolla vuonna 1993. Kiihdytinlaboratoriosta on parissa vuodessa muodostunut tärkeä eurooppalainen ydinfysiikan keskus, jossa työskentelee paljon varsinkin lyhytaikaisia ulkomaisia tutkijoita osallistuen yhteistyönä tehtäviin mittauksiin. Vierailijat tuovat tarvitsemansa rahoituksen pääsääntöisesti mukanaan. Kiihdytinlaboratorio on vuodesta 1993 alkaen ollut Euroopan Unionin Human Capital and Mobility -ohjelman tutkijoita vastaanottava laitos ja se valittiin vuonna 1995 EU:n Training and Mobility of Researchers -ohjelman ns. suureksi tutkimusyksiköksi.
Maamme tieteen kannalta on erittäin tärkeää, että Jyväskylän syklotronilaboratorio menestyy. Kyseessä on Suomen suurin ja samalla kallein yksittäisen laitteen ympärille muodostunut tutkimushanke. Kiihdytinlaboratorion hyvyysluokitusta, BC, on harkinnanvaraisesti nostettu yhdellä portaalla jatkokoulutuksessa kansainvälisen kesäkoulun johdosta ja tutkimuksessa samoin yhdellä portaalla, koska tieteellisen työn profiili monien lyhytaikaisten vierailijoiden takia on tavallisuudesta poikkeava. Hyvyysluokitus on nostoista huolimatta edelleen yllättävän matala, mikä johtuu melko pienestä julkaisujen määrästä, JY:n palkkaaman henkilökunnan suuruudesta ja isosta toimintamenorahasta. Kalliita hankintoja ei kuitenkaan ole otettu huomioon toimintamenorahoissa hyvyysluokitusta laskettaessa.
Kiihdytinlaboratorion alku näyttää sangen lupaavalta, joten hyvyysluokitus noussee nopeasti. JY:n johdon pitäisi tarkkaan seurata laboratorion toimintaa ja arvioida se kansainvälisiä asiantuntijoita käyttäen 3 -- 5 vuoden välein. Laboratorion on itse pidettävä huoli oman tutkimusohjelmansa korkeasta tieteellisestä tasosta ja siitä, ettei se kokonaan joudu ulkomaisten tutkijoiden palveluorganisaatioksi. Tieteellisen työnsä lopettaneista henkilöistä on pyrittävä vapautumaan. Suomen Akatemian luonnontieteiden ja tekniikan tutkimuksen toimikunta on asettanut JY:n kiihdytinlaboratorion ehdolle tutkimuksen huippuyksiköksi vuosille 1997 -- 98. Tämän statuksen saamiseen laitos ei mielestäni vielä ylety.
Kemian laitoksessa on neljä laboratoriota: epäorgaaninen ja analyyttinen kemia, fysikaalinen kemia, orgaaninen kemia, ja soveltava kemia. Laitoksessa on yhteensä 8 professoria tai apulaisprofessoria, 20 muuta opettajaa, 420 perus- ja 40 jatko-opiskelijaa. Vuonna 1994 FM-tutkintoja suoritettiin 25, FL-tutkintoja 3 ja FT-tutkintoja niinikään 3. Fysikaalisen kemian laboratorion laserryhmällä oli EU:n Science- ja Human Capital and Mobility -ohjelmissa vuosina 1993 -- 95 tutkijoita vastaanottavan laboratorion status.
Kemian laitoksen tutkimustoiminta on keskittynyt rakennekemiaan ja vasta aloitettuun puunjalostusprosessien kemiaan, mutta eri laboratorioissa on suuri määrä pienimuotoisia, usein teollisuuden kanssa tehtyjä yhteisiä tutkimushankkeita, joista mikään, lasertutkimusta lukuun ottamatta, ei ole yltänyt korkealle tieteelliselle tasolle. Laitekannassa ei kuitenkaan toistaiseksi ole valittamisen aihetta. Osa tutkimusprojekteista voitaisiin lopettaa, mikä selkiyttäisi laitoksen profiilia. Yhteistyötä kemian laitoksen sisällä on pitkään kehitetty erityisesti rakennetutkimuksessa. Alaa koskeva, äskettäin valmistunut tutkimusohjelma on huolellisesti perusteltu ja toivottavasti ennakoi tutkimusaktiviteetin nousua sekä kvantitatiivisesti että kvalitatiivisesti. Laitoksen matalahko hyvyysluku CCD johtuu, ainakin osittain, avoinna olleista viroista. Koska laboratoriot eivät ole tulosvastuullisia yksiköitä, tarkempaa erittelyä en ole voinut suorittaa. Selvästi aktiivisimmat tutkijat ovat prof. Kari Rissanen, joka nimitettiin vuonna 1995 orgaanisen kemian professoriksi, ja dosentti Erkki Kolehmainen; molempien tieteellinen tulos on erinomainen, mutta dilutoituu tieteellisesti epäaktiivisen henkilökunnan vaatimattomiin saavutuksiin.
Fysikaalisen kemian ja orgaanisen kemian professuurit on juuri täytetty. On tärkeää, että uudet viranhaltijat heti ryhtyvät kohentamaan ja kohdentamaan omien laboratorioittensa tutkimusta. Toimintansa äskettäin aloittanut soveltavan kemian laboratorio havittelee jo uusia tiloja, vaikka kemian laitosrakennus valmistui vasta vuonna 1991. Liian suuret toimitilat ovat pelkästään haitaksi, sillä korkeatasoinen tieteellinen tutkimus menestyy parhaiten kohtuullisessa ahtaudessa (= 3 -- 4 nuorempaa tutkijaa työhuonetta kohti). Suomessa tulisi rakentamiseen varattuja resursseja yleisesti vähentää ja käyttää säästyneet rahat esimerkiksi laitehankintoihin.
Biokemiaa opetetaan cum laude-tasolle asti bio- ja ympäristötieteiden laitoksella; koska laudatur-opetusta ei anneta JY:ssa, jätin biokemian arviointini ulkopuolelle.